[PRNewswire] Oxford Nanopore, 영국에서 중국으로 시퀀서 전달
-- 표본에서 가깝고 신속한 코로나바이러스 시퀀싱과 발생 감시를 지원
(옥스퍼드, 잉글랜드 2020년 1월 31일 PRNewswire=연합뉴스) 중국의 공중보건 전문가들을 광범위하게 지원하고, 이들과 협력해온 Oxford Nanopore가 200개의 MinION 시퀀서와 관련 소모성 품목을 중국에 공급했다. 이들 시퀀서와 소모성 품목은 현재 진행 중인 코로나바이러스 발병을 계속 감시하는 데 사용되며, 이미 중국에 설치된 수많은 장치에 추가될 예정이다.
코로나바이러스 감시 과정에 참여하는 과학자들이 증가하고 있는 가운데, Oxford Nanopore는 이미 중국에서 100개가 넘는 공중보건 실험실을 비롯해 수많은 중국 미생물학 실험실 및 세계 공중보건 과학자들을 지원하고 있다.
Oxford Nanopore CEO Dr Gordon Sanghera는 "국제 과학 커뮤니티와 협력하고, 이 코로나바이러스에 대한 이들의 이해를 지원하게 돼 기쁘게 생각한다"라며 "누구나 어디에서든 생물학적 정보에 대한 접근성을 가질 수 있다는 나노포어 비전이 긍정적인 영향을 미칠 것이다. 자사는 이번 코로나바이러스에 맞춰 신속한 최적화 작업을 하고 있으며, 이 과정에서 자사를 응원하는 커뮤니티에 큰 감사를 드린다"고 말했다.
MinION 시퀀서는 광범위한 접근성을 염두에 두고 설계됐다. 무게는 100g 미만이며, 랩톱이나 특별 부대용품인 MinIT를 통해 데이터를 분석한다. 이 시퀀서는 실시간으로 배열 정보를 스트리밍하며, 신속한 시퀀싱을 지원한다. 즉, 분산된 여러 위치에서 신속한 시퀀싱을 하기에 안성맞춤인 제품이다. 예전에는 에볼라, 지카 또는 TB 등을 이해하고자 시골이나 오지에서 시퀀싱을 실시했다.
"에볼라 양성 샘플을 받은 후 24시간도 지나지 않아 결과를 확인할 수 있었다. 시퀀싱 과정은 15~60분밖에 걸리지 않았다. 실시간 게놈 감시는 자원이 제한된 환경에서도 가능하며, 발병 모니터링을 위해 신속한 확장도 가능하다." - 버밍엄 대학 Josh Quick, Nature 2016 https://www.nature.com/articles/nature16996
코로나바이러스를 신속하게 시퀀싱하는 작업은 이번 코로나바이러스 사태를 이해하는 핵심적인 도구다. 시퀀싱 정보는 보통 위치 및 시간 데이터와 결합해 바이러스가 확산되는 방식 및 변화 유부에 대한 통찰을 제공한다.
Oxford Nanopore의 시퀀싱 기술은 NEJM에 발표한 첫 번째 게놈, Lancet에 발표된 인간 대 인간 감염을 나타내는 게놈 '클러스터', 미국에서 발표된 최초 게놈 등을 포함해 중국에서 온 여러 초기 코로나바이러스 게놈에 사용됐다.
과학 커뮤니티 연구원들은 nCoV 나노포어 시퀀싱을 위한 프로토콜을 개발했다. Oxford Nanopore는 이들 프로토콜을 최적화하는 데 있어 과학 커뮤니티와 협력하고 있다.
신종 코로나바이러스에서 나노포어 사용에 관한 업데이트에 관심이 있다면 이 포스팅[https://nanoporetech.com/about-us/news/novel-coronavirus-ncov-2019 ]을 열람한다. 구체적인 nCoV 지원을 받고 싶다면 이 서식[https://register.nanoporetech.com/ryi-novel-coronavirus ]을 작성하도록 한다.
사진 - https://mma.prnewswire.com/media/1084698/Oxford_Nanopore_Technologies_1.jpg
700kg of Oxford Nanopore sequencers and consumables are on their way for use by Chinese scientists in understanding the current coronavirus outbreak.
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MinION is the only portable, real-time device for DNA and RNA sequencing.
사진 - https://mma.prnewswire.com/media/1084701/Oxford_Nanopore_Technologies_3.jpg
Each MinION sequencer is approximately the size of a stapler, and can provide rapid sequence information about the coronavirus.
로고 - https://mma.prnewswire.com/media/1084702/Oxford_Nanopore_Technologies_Logo.jpg
Oxford Nanopore Technologies Logo
출처: Oxford Nanopore Technologies
Oxford Nanopore Sequencers Have Left UK for China, to Support Rapid, Near-sample Coronavirus Sequencing for Outbreak Surveillance
OXFORD, England, Jan. 31, 2020 /PRNewswire/ -- Following extensive support of, and collaboration with, public health professionals in China, Oxford Nanopore has shipped an additional 200 MinION sequencers and related consumables to China. These will be used to support the ongoing surveillance of the current coronavirus outbreak, adding to a large number of the devices already installed in the country.
Oxford Nanopore is already working to support more than 100 public health laboratories in China, as well as a number of Chinese microbiology laboratories and global public health scientists, with a growing community of scientists taking part in the surveillance process.
"We are privileged to be working with a global scientific community to support their understanding of this outbreak," said Dr Gordon Sanghera, CEO, Oxford Nanopore. "We hope that the nanopore vision of enabling anyone to access biological information, anywhere, can have a positive impact, and are immensely grateful for the community support as we work to rapidly optimise for this outbreak."
The MinION sequencer was designed for broad accessibility. It weighs under 100g and is run with a laptop or special accessory, the MinIT, to perform data analysis. It streams sequence data in real time, allowing for rapid sequencing. It is well suited to rapid sequencing in distributed locations. Previously, the device has performed sequencing in rural or remote settings, for example in understanding Ebola, Zika or TB.
"We were able to generate results less than 24 hours after receiving an Ebola-positive sample, with the sequencing process taking as little as 15 to 60 minutes. We show that real-time genomic surveillance is possible in resource-limited settings and can be established rapidly to monitor outbreaks." - Josh Quick, University of Birmingham, Nature, 2016 https://www.nature.com/articles/nature16996
Rapid sequencing of the coronavirus has been one essential tool in understanding the outbreak. Sequence information is typically combined with location and time data to provide an insight into how the virus is spreading and whether it is changing.
Oxford Nanopore's sequencing technology has been used in many of the early coronavirus genomes from China, including the first genome published in NEJM and the "cluster" of genomes that indicated human-to-human transmission that were published in the Lancet and the first genomes published from the US.
Researchers in the scientific community have developed protocols for nanopore sequencing of nCoV; Oxford Nanopore is working with the scientific community in the optimisation of those protocols.
If you are interested in following updates on the use of nanopore in this outbreak, please follow this post [https://nanoporetech.com/about-us/news/novel-coronavirus-ncov-2019 ], and if you would like to get in touch for nCoV specific support, please use this form [https://register.nanoporetech.com/ryi-novel-coronavirus ].
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700Kg of Oxford Nanopore sequencers and consumables are on their way for use by Chinese scientists in understanding the current coronavirus outbreak.
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MinION is the only portable, real-time device for DNA and RNA sequencing.
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Each MinION sequencer is approximately the size of a stapler, and can provide rapid sequence information about the coronavirus.
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Source: Oxford Nanopore Technologies
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