기업부설연구소 설립은 회사의 경쟁력을 높이는 실질적인 효과를 가지고 있고, 국가연구개발사업의 참여 지원, 중소기업 판정 시 특별조치, 기술신용보증 특례제도 자금지원 등에 유리하다.
특히 정부에서 지원하는 조세 혜택으로는 연구 및 인력개발 비용에 대한 25%의 세액공제를 받을 수 있으며, 기업부설연구소 용도의 토지 및 건물에 대한 60%의 취득세 감면, 50%의 재산세 감면, 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 6%의 세액공제 등의 혜택을 받을 수 있다. 또한 산업 기술 연구 및 개발용품에 대한 연구 목적의 수입 발생 시 80%의 관세 감면 혜택까지 받을 수 있다.
중소기업은 인력난으로 허덕이는 경우가 실제로 많은데, 기업부설연구소 설립 시 연구인력 고용지원 사업과 병역 특례 지원 혜택을 받을 수 있는 것이 가장 큰 장점으로 손꼽히고 있으며, 미취업 청년 고용 시 인건비의 절반을 최대 1년간 지원받을 수 있고, 국가연구 개발사업 참여 지원제도와 중소기업 판정 시의 특별 조치,중소기업 기술신용보증특례제도의 자금 지원 등도 받을 수 있게 된다.
다만 이처럼 많은 지원 및 혜택이 있는 제도도 설립 후 관리가 되지 않는다면, 설립 후 받았던 지원 및 혜택들을 현장 조사 와 세무조사를 통해 형사처벌 및 환수 조치가 진행된다.
A사는 임대계약을 하지 않고 다른 회사의 사업장을 기업부설연구소로 신고했다. 그것도 현지 확인 시 연구인력 미달을 면피하기 위해 퇴사 인원을 외근 중이라고 둘러댔다.B사는 회사 조직도상 기술연구소도 없이 타 부서 소속 16명을 연구 전담 요원으로 허위 신고했다가 현장 조사에서 적발됐다.
C사는 연구원 인적요건을 맞추기 위해 국민연금 · 건강보험 등 4대보험에 가입되지 않은 전담 요원을 신고했다가 발각됐다.
D사의 디자인연구소 (기업부설연구소)는 2014년에 설립돼 여러 혜택을 받아왔는데, 인적요건위반(일반직원을 연구직원으로 가장) 혐의가 드러나면서 협회로부터 연구소 인가 취소 처분이 내려졌다. D사는 설립 이후 세금 감면 및 인건비 지원 등 각종 혜택을 받아왔기 때문에 세무조사가 진행 예정이고 혐의 내용에 따라 벌금형 및 최대 형사처벌까지 받을 수 있다.
2020년 국정조사 자료에 따르면 2016년부터 2020년 5월까지 기업부설연구소에 관한 조세 혜택이 7조2000억원이 넘었고, 전문연구요원도 약 3300명이 배정됐다. 하지만 요건미달, 휴·폐업, R&D 활동 없음, 허위신고 등으로 최근 5년간 1만5894곳이 직권 취소됐다. 인적·물적 요건 미달이 7857건으로 가장 많았고 휴·폐업이 4014건, R&D 활동없음 3935건, 허위신고 88건이었다.
2020년 1월을 시작으로 정부에서는 국세청에 연구·인력개발비 세액공제를 신청하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 여부 등에 대해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있는 제도를 신설하였고, 2021년 국세청 역점추진과제로 '한국판 뉴딜 세정지원센터'를 전국 세무서에 설치하여 R&D 세액공제 사전 심사 패스트트랙 등 맞춤형 지원을 제공할 계획을 하고 있다. 이는 2020년부터 세액공제에 대한 내용은 국세청에서 연구노트 등 작성·보관 의무화(공제받은 과세 연도의 종료일로부터 5년 동안 보관)를 통하여 해당 기업의 세무 자료로 활용할 것이다.
설립 이후 유지관리가 제대로 되지 않을 경우 현장조사(불시에 방문)시에 신고내용과 일치하지 않은 경우 허위신고로 직권취소 된다. 취소 후 1년간 연구소 및 전담부서 설립 신고를 할 수 없으며 허위신고 정도에 따라 벌금부과 및 국세청에서의 강도 높은 세무조사를 추가로 실시하고 최대 설립 시부터 받았던 혜택 (세액공제, 개발비 지원 등)을 환수 진행하고 있다.
<한경기업경영지원본부 오상엽 세무회계센터 팀장 / 세무사>
