새 법령의 핵심은 연구 공간과 인력, 조직 운용 관련 제도를 유연화하여 기업의 자율 경영을 보장하는 동시에 사후관리를 강화해 제도의 투명성과 신뢰성을 확보했다는 점이다. 먼저 연구 공간과 관련하여 기존에는 고정 벽체로 사방이 둘러싸인 독립적인 공간을 두도록 했으나, 앞으로는 파티션으로 구획된 공간도 연구 공간으로 인정받을 수 있다. 이는 고정 벽체 설치가 어려운 기업들에 큰 숨통을 틔워주는 조치다. 또한 기업 규모와 유형별로 2명에서 10명 이상 갖춰야 하는 연구 전담 요원의 국가연구개발사업에 참여 중인 석사과정 자를 포함해 우수 연구 인력을 조기에 확보할 수 있는 기반을 마련했다. 기존에는 단 1개만 허용되던 부 소재지를 복수로 설치하여 운영할 수 있도록 개선한 것도 주목할 만하다.
조직 운용 측면에서도 상당한 개선이 이뤄졌다. 연구 관리 직원만 타 업무 겸임을 허용함으로써 인력 운용 부담을 완화했으며, 인정 기준에 미달해 보완 명령받은 경우 기존 1개월이던 보완 기간을 기업 요청 시 최대 2개월까지 연장할 수 있도록 했다. 보완 기간 내에 조치하지 못하면 인정이 취소될 수 있는 만큼이 는 기업에 실질적인 도움이 될 것으로 보인다.
반면 제도의 건전성과 공정성을 확보하기 위한 장치도 강화됐다. 직권취소 처분을 받은 경우 이를 자진 취소로 대체할 수 없도록 하여 인정 취소 절차의 엄정성을 확보했다. 과기정통부 장관에게는 인정 기준 유지 여부와 변경 신고 사항 확인 등을 위해 현장 조사를 시행할 수 있는 권한을 부여했으며, 정당한 사유 없이 현장 조사를 거부하거나 방해, 기피하는 행위는 인정 취소 사유로 규정했다. 부정행위와 사칭 행위에 대한 과태료 기준도 구체화했다. 거짓이나 부정한 방법으로 인정을 취득하거나 허위 서류를 작성하면 500만 원 이하, 현장 조사를 거부하거나 방해하면 300만 원 이하, 기업부설연구소를 사칭한 경우 200만 원 이하의 과태료를 부과한다. 다만 제도 시행 초기의 현장 안착과 기업의 준비 기간을 고려해 3년간 계도기간을 운영한다는 방침이다.
이와 함께 과기정통부는 매년 9월 7일을 국가 기념 기술 개발 인의 날로 지정하여 기업 연구자들의 성과를 기념하고 민간 연구개발의 사회적 가치와 위상을 높여 나갈 계획이다. 배경훈 과기정통부 장관은 기업부설연구소가 국가성장과 기업 경쟁력을 견인하는 국가 연구개발의 핵심 주체라고 강조하며, 이번 법률 제정과 시행을 계기로 기업 연구 현장에서 체감할 수 있는 수준으로 연구 활동을 체계적으로 지원하는 방안을 마련하겠다고 밝혔다.
기업부설연구소 설립 제도는 1981년 도입된 이후 현재 연구개발 전담 부서 3만 3천여 개, 기업 부설 연구소 4만 5천여 개 등 약 7만 8천여 개의 조직이 운영 중이다. 2024년 12월 기준 기업 연구개발 투자는 106조 7천억 원으로 전체 국가 연구개발의 81.5%를 차지하는 핵심 동력이며, 기업 연구원 수는 44만 7천 명으로 전체 연구원의 72.7%에 달한다. 이처럼 막대한 규모의 민간 연구개발 생태계를 지원하는 이 제도가 기업, 특히 중소기업에 주는 혜택은 상당하다.
연구소 설립 인정을 받으면 기업이 연구개발이나 인력개발을 위해 사용한 비용에 대한 법인세가 일정 비율만큼 공제된다. 세액공제 적용 범위가 넓어 법인세 절감에 큰 도움이 되며, 중소기업의 경우 최대 50%까지 공제가 적용된다는 점은 특히 주목할 만하다. 연구소용으로 취득한 부동산에 대한 취득세 및 재산세 감면, 연구개발 출연금에 대한 과세특례, 수입 물품에 대한 관세 감면 등 다양한 조세 혜택이 제공된다. 최근 발표된 지방세입 관계 법률 개정안에 따르면 연구소용 부동산에 대한 취득세와 재산세 감면 혜택을 3년 연장하며, 신성장 및 원천기술 연구소에 대한 추가 감면율을 기존 10%에서 15%로 확대하는 내용이 포함되어 조세 혜택이 더 확대될 전망이다.
미취업 청년을 고용하는 경우 인건비의 절반을 최대 1년까지 지원받을 수 있고, 연구원의 부재를 방지하는 병역 혜택도 주어진다. 창업 후 3년 이내에 벤처기업 인증을 받을 때 5년 동안 법인세 50%를 감면받을 수 있어 기업부설연구소와 벤처기업 인증을 함께 활용하면 국가 연구개발 사업의 참여 지원, 기술신용보증 특례제도 자금 지원, 중소기업 판정 시 특별 조치 등 정부 지원을 적극적으로 활용할 수 있어 금상첨화다.
2026년 2월부터 시행되는 새로운 기업부설연구소법은 연구 환경의 유연화와 사후관리 강화라는 두 마리 토끼를 모두 잡았다. 파티션 허용, 석사과정 자 인정, 부 소재지 복수 설치, 보완 기간 연장, 겸임 허용 등 실질적인 규제 완화를 통해 기업들이 보다 쉽게 연구 조직을 구축하고 운영할 수 있도록 했으며, 동시에 현장 조사 권한 부여와 과태료 기준 명확화를 통해 제도의 공정성을 강화했다. 법인세 최대 50% 공제, 부동산 취득세 및 재산세 감면, 병역 혜택, 벤처기업 인증과의 시너지 등 기업부설연구소가 제공하는 혜택은 연구개발을 통한 성장을 꿈꾸는 기업에 필수적인 전략 도구다. 새 법령 시행을 계기로 요건을 꼼꼼히 검토하고 전문가의 도움을 받아 기업부설연구소 설립을 적극 검토해야 할 때다.
스타리치 어드바이져는 기업의 다양한 상황과 특성에 맞춰 법인이 가지고 있는 위험을 분석한 사례를 통해 최적화된 컨설팅을 진행하고 있다. 그 내용으로는 기업부설연구소, 사내근로복지기금, 가지급금 정리, 임원퇴직금, 제도 정비, 명의신탁 주식, 직무발명보상제도, 기업 인증, 개인사업자 법인전환, 신규 법인 설립, 상속, 증여, ESG 경영, 기업가정신 플랜 등이 있다.
[글 작성] 오동진 / 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
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