이 제도의 가장 큰 매력은 실질적인 재정 혜택이다. 조세특례제한법에 의거하여 회사가 직무발명보상금으로 지출한 금액에 대해 연구개발비용으로 25%의 법인세 세액공제를 받을 수 있다. 예를 들어 1년 동안 1억 원을 보상금으로 지급했다면 2,500만 원을 세액에서 공제받는다. 실질적으로 7,500만 원을 투자하고 1억 원의 효과를 거두는 셈이다. 발명자인 직원도 소득세법 제12조에 따라 일정 금액까지 비과세 혜택을 받는데, 2024년 세법 개정으로 비과세 한도가 연간 500만 원에서 700만 원으로 확대되었다. 또한 연구 및 인력개발비 명목으로 사용한 비용은 손금처리가 가능해 세금을 절감할 수 있다.
재무관리 측면에서도 장점이 있다. 기술평가를 통해 특허권이나 산업재산권의 가치가 산출되면 가지급금과 미처분이익잉여금을 깔끔하게 처리할 수 있다. 특히 가업승계나 주식 가치 관리를 고민하는 중소기업에는 실질적인 해법이 될 수 있다. 직무발명보상제도를 모범적으로 실시하는 기업은 직무발명보상 우수기업으로 선정되어 특허·실용신안·디자인 출원 시 우선심사 대상이 되고 4~6년차 등록료 추가감면을 받으며, 정부지원사업 참여 시 가점을 받는 등 다양한 혜택을 누릴 수 있다. 최근 2년 이내에 보상금을 지급한 사실이 있는 기업은 각종 국가지원 사업에서 인센티브가 지급되는 우수기업 자격 조건을 갖추게 된다.
그러나 제도를 제대로 활용하지 못하는 기업들이 여전히 많은 실정이다. 2025년 3월 기준, 직무발명보상 우수기업으로 인증받은 유효기업은 959개사에 달하지만, 저변을 확대할 필요가 있다. 정부는 일자리 창출을 목표로 고용증대 기업에 세제지원 혜택을 주고 중소기업의 유망 기술개발 및 기술경쟁력 강화를 지원하기 위한 지원을 확대하고 있다. 특히 기술성, 혁신성, 사업성을 기준으로 신기술과 결합할 경우 모든 업종이 벤처기업 인증을 받을 수 있도록 지원 대상을 확대했으며, 벤처기업으로 인증받으면 일정기간 법인세 50%, 취득세 75%, 재산세 50%의 감면 혜택을 받을 수 있다.
다만 제도 도입 시 주의가 필요하다. 잘 알려진 사례로 자동차 배출가스 저감 부품을 개발한 직원이 5만 6천 원의 보상금에 불만을 품고 약 2조 원의 적정 보상금을 요구하며 소송을 제기한 경우가 있다. 문제는 현행 발명진흥법이 적정한 보상을 줘야 한다고만 규정할 뿐 구체적인 산정 기준을 제시하지 않는다는 점이다. 법원은 직무발명보상금에 대한 규정을 발명자 보호를 위한 강행규정으로 보기 때문에 종업원에게 불리한 규정이나 계약은 무효라고 판단하고 있다.
이러한 분쟁을 예방하려면 사전에 명확한 규정을 마련하는 것이 필수다. 회사 내 제도 관련 위원회를 구성하여 발명을 사용할 대표, 특허 전담부서 담당자, 직원 측 대표가 모여 보상의 종류, 보상액의 결정 기준이나 산정 방법 등 구체적인 내용을 협의해야 한다. 발명은 원칙적으로 직원에게 소유권이 있으므로 기업에서 승계할 의무가 있다면 적절한 보상기준을 정해야 하며, 발명은 반드시 기업의 주업무와 관련된 것이어야 한다. 보상금 산정 및 지급방법을 구체적으로 협의하는 것이 추후 발생할 수 있는 분쟁을 예방할 수 있다. 근무 규정상 사전예약 승계 규정, 직무발명보상규정 등을 활용해 체계적으로 접근하고, 이를 문서화하여 구성원에게 알려야 한다. 보상기준이나 관련 규정을 변경하려면 구성원들과 협의를 거쳐야만 한다.
현장에서는 제도개선 요구도 이어지고 있다. 2017년 이전에는 직무발명보상금을 기타소득으로 분류했으나 현재는 근로소득에 따른 과세표준을 적용함에 따라 세 부담이 늘어나게 되었다. 세정당국은 조세 형평성 등을 들어 근로소득 과세의 타당성을 주장하고 있지만, 결과적으로 연구자들의 직무발명 의욕을 떨어트린다는 지적이 제기되어 왔다. 이러한 현장의 목소리를 반영하여 과기정통부는 비과세 한도를 700만 원에서 2억 원으로 확대하는 방안을 검토하고 있다. 당장 비과세 한도를 높이는 것이 어렵다면 직무발명보상금을 예전처럼 기타소득으로 규정하고 분리 과세하는 방안을 전향적으로 검토할 필요가 있다.
중소기업은 세계적인 기업이나 국내 대기업처럼 직무발명자에게 보상금을 자체적으로 지급할 수 있는 여력이 없는 것이 현실이다. 특히 소수 정예주의로 연구 활동을 수행하고 있어 이들의 사기를 높여줄 인센티브가 절실하다. 다만 제도 도입 시 보상금 지급 문제, 발명의 실제 활용에 관한 문제 등이 발생할 수 있기 때문에 전문가와 함께 진행하는 것이 바람직하다.
스타리치 어드바이져는 기업의 다양한 상황과 특성에 맞춰 법인이 가지고 있는 위험을 분석한 사례를 통해 최적화된 컨설팅을 진행하고 있다. 그 내용으로는 사내근로복지기금, 가지급금 정리, 임원퇴직금, 제도 정비, 명의신탁 주식, 기업부설연구소, 직무발명보상제도, 기업 인증, 개인사업자 법인전환, 신규 법인 설립, 상속, 증여, ESG 경영, 기업가정신 플랜 등이 있다.
[글 작성] 신무석, 김희진 / 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
* 위 칼럼의 내용은 작성자의 전문적인 의견임을 알려드립니다.