기업 경영 환경이 녹록지 않은 요즘, 법인세 납부로 인한 현금 유출은 기업 운영에 적지 않은 부담이 된다. 우리나라 법인은 매년 분기마다 부가세 신고와 세금 납부를 마쳐야 하며 법인세 역시 납부 기한 내에 반드시 신고해야 한다. 이러한 세금 부담을 경감하기 위한 방법으로 가장 먼저 고려할 수 있는 것이 법인세법과 조세특례제한법상의 세액감면 및 공제 제도를 활용하는 것이다. 그중에서도 기업부설연구소 설립은 실질적이고 체감할 수 있는 혜택을 제공하는 대표적인 절세 전략이다.
2025년 2월 1일부터 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률과 그 시행령 및 시행규칙이 시행되면서 기업의 연구개발 환경을 유연하게 개선하고 기업 연구자의 성과가 존중받을 수 있는 제도적 기반이 마련됐다. 이 법률은 종전 기초연구 진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률 체계에서 운영되던 기업부설연구소 및 연구개발 전담 부서 제도에서 독립된 법률 체계로 분리하고 정비한 것이다. 기업 연구개발 조직에 대한 인정, 관리, 지원 기준을 일관되게 마련하고 기업의 연구 역량 혁신과 민간 연구개발 생태계 조성을 뒷받침하도록 했다.
기업부설연구소란 일정 수 이상의 연구 전담 인력과 독립적 연구 공간 확보 등 연구개발 활동을 수행하기 위한 최소한의 요건을 갖추고 있는 기업 내 연구개발 전담 조직을 말한다. 이러한 조직을 갖춘 기업은 세액공제를 받을 수 있는데 세액공제는 납부할 최종 세액에서 일정 금액을 차감하고 세금을 납부하는 것으로 실질적인 혜택을 체감할 수 있다. 예를 들어 연구 전담 요원의 경우 연봉 총액의 25%를 세액공제 받을 수 있다. 만약 연봉 5천만 원의 연구 전담 요원 1인을 둔 연구 전담 부서를 운영하는 중소기업이라면 5천만 원의 25%인 1,250만 원을 납부해야 할 법인세에서 세액공제 받을 수 있다.
그 밖에도 일반 연구와 인력 개발비에 대한 세액공제, 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제, 연구 활동비 소득세 비과세 혜택이 제공된다. 연구개발에 필요한 수입 물품 발생 시 관세 80% 감면, 기업부설연구소 용도의 부동산 지방세 감면, 신성장동력 산업 및 원천기술 세액공제 등의 혜택도 받을 수 있다. 미취업 청년 고용 시 연간 인건비 50% 지원, 정부 주도 개발사업 참여 시 가산점 부과, 기업 대외 신뢰도 상승 등의 혜택도 따라온다. 국가 개발 연구 사업에 참여할 수 있는 자격이 주어지며 연구비 지원 혜택을 누릴 수 있고 연구 및 인력 개발비에 대한 25%의 세액공제와 설비투자에 대한 10%의 세액공제 혜택을 받을 수 있다.
벤처기업 인증을 받게 될 경우 일정 기간 법인세 50%를 감면받게 되며 취득세 75%, 재산세 50%를 감면받아 비용을 줄일 수 있다. 기업부설연구소와 벤처기업 인증은 서로 시너지 효과를 내기 때문에 국가 연구개발 사업의 참여 지원, 기술신용보증 특례제도 자금 지원, 중소기업 판정 시 특별 조치 등 정부 지원을 적극적으로 활용할 수 있다. 고용 지원 사업에 따라 미취업 청년을 고용하면 인건비의 50%를 지원받아 최대 1년 동안 인건비를 줄일 수도 있다. 또한 연구원은 병역특례를 보장받기 때문에 연구 전담 인력의 부재를 방지할 수 있다.
새롭게 시행된 법령의 주요 내용을 살펴보면 먼저 기업부설연구소와 연구개발전담부서가 유연하고 효율적으로 운영될 수 있도록 연구 공간, 인력, 조직 운영에 관한 제도를 개선했다. 연구 공간은 독립된 공간을 원칙으로 하되 고정 벽체 설치가 어려운 경우 이동 벽체로 구획된 공간도 연구 공간으로 인정할 수 있도록 정했다. 국가연구개발사업에 참여 중인 석사과정 자를 요건에 따른 연구 전담 요원으로 인정함으로써 기업이 현장의 우수 연구 인력을 폭넓게 활용할 수 있게 했다. 기존에는 1개만 허용되던 부 소재지를 복수로 설치하고 운영할 수 있도록 함으로써 기업의 연구개발 준비 및 운영 부담도 완화했다.
보완 기간을 연장할 수 있게 해 제도 운용의 유연성을 확보한 점도 주목할 만하다. 기존에는 인정 기준 미달로 보완 명령받은 후 1개월 이내에 보완하지 않으면 인정이 취소될 수 있었는데 기업 요청에 따라 보완 기간을 최대 2개월의 범위에서 연장할 수 있게 했다. 연구소 근무 직원 중 연구 관리 직원만 타 업무 겸임을 허용함으로써 기업의 인력 운영 부담도 완화했다.
제도를 보다 건전하고 공정하게 운영하기 위한 사항도 포함됐다. 기업부설연구소와 연구개발전담부서가 직권취소 처분을 받으면 이를 자진 취소로 대체할 수 없도록 해 인정 취소 절차의 엄정성을 확보했다. 과학기술정보통신부 장관에게는 인정 기준 유지 여부와 변경 신고 사항 확인 등을 위해 현장 조사를 시행할 수 있는 권한을 부여했으며 정당한 사유 없이 현장 조사를 거부하거나 방해하거나 기피하는 행위는 인정 취소 사유로 규정했다.
부정행위와 사칭 행위를 명확히 금지하고 위반 시 과태료 부과 기준을 구체화하는 등 제재도 강화했다. 거짓이나 부정한 방법으로 기업부설연구소 인정을 취득하거나 허위 제출 서류 작성 또는 이에 가담하면 500만 원 이하, 정당한 사유 없이 현장 조사를 거부하거나 방해하거나 기피하면 300만 원 이하, 기업부설연구소를 사칭한 경우 200만 원 이하 과태료를 부과한다. 다만 제도 시행 초기의 현장 안착과 기업의 준비 기간을 고려해 3년간 계도기간을 운영한다는 방침이다. 이밖에 과학기술정보통신부는 매년 9월 7일을 국가 기념 기술 개발 인의 날로 지정하고 운영해 기업 연구자들의 성과를 기념하고 확산하며 민간 연구개발의 사회적 가치와 위상을 높여 나갈 계획이다.
한국산업기술진흥협회는 정기적으로 사후관리를 하고 있으며 조세지원과 자금 지원 등 혜택받기 위해서만 기업부설연구소를 활용했다면 인정이 취소될 수 있다. 그러므로 설립부터 사후관리까지 전문가의 도움을 받는 것이 바람직하다.
스타리치 어드바이져는 기업의 다양한 상황과 특성에 맞춰 법인이 가지고 있는 위험을 분석한 사례를 통해 최적화된 컨설팅을 진행하고 있다. 그 내용으로는 기업부설연구소, 사내근로복지기금, 가지급금 정리, 임원퇴직금, 제도 정비, 명의신탁 주식, 직무발명보상제도, 기업 인증, 개인사업자 법인전환, 신규 법인 설립, 상속, 증여, ESG 경영, 기업가정신 플랜 등이 있다.
[글 작성] 원유택, 서정연 / 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
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