감사원은 자본거래 등 주식이동 과세실태를 감사한 결과, 국세청이 법인세와 상속세 등 360억여원을 덜 징수해 시정을 요구했다고 29일 밝혔다.
감사원에 따르면 국세청은 법인간 합병시 피합병법인 주주가 합병신주를 교부받아 생긴 의제배당소득에 대해 합병일을 기준으로 구분된 '주식 등 변동상황 명세서''의 제출의무를 이행했는지 점검하지 않거나 합병배정명세서를 주기적으로 수집하지 않았다.
그 결과 11개 피합병법인 주주 72명의 종합소득세 50억여원이 과세 누락됐고 피합병법인의 배당소득세 원천징수의무를 승계한 11개 합병존속법인으로부터 징수해야 할 의제배당소득에 대한 원천징수 소득세 등 37억여원이 덜 징수됐다.
감사원은 이를 비롯해 국세청이 법인세와 종합소득세 등 362억여원을 덜 징수한 사실을 적발, 이를 추가 징수하도록 시정을 요구했다.
또 지급보증 채무를 피하려고 계열사간에 부동산을 저가에 넘겨준 뒤 다시 계열사 주식을 고가에 넘겨받는 수법으로 이익을 나눴는데도 서울지방국세청이 이에 대한 검토를 소홀히 해 법인세 113억여원을 적게 징수한 것으로 보고 추가 징수 방안을 마련하라고 통보했다.
아울러 서울국세청이 주식의 실소유자가 사주인데도 임의로 작성된 주주명부에 이전부터 사주 자녀의 명의로 돼 있다는 점을 인정해 증여세(503억원) 부담 없이 사주일가 간 주식이 무상이전된 사실을 지적하고 추가 징수 방안을 마련토록 했다.
이밖에 주권상장법인 대주주의 주식양도분 취득가액은 종전의 선입선출법이 아닌 후입선출법을 적용하는 것이 타당하다는 대법원 판례가 나왔는데도 통일된 지침을 내리지 않아 여전히 선입선출법을 적용하는 경우가 많다며 주의를 요구했다.